Dem BezJR steht ein ehrenamtlich arbeitender Vorstand vor, der alle zwei Jahre neu gewählt wird. Derzeit gehören ihm die folgenden Personen an:

Wolfgang Grüner Vorsitzender
BDKJ Regensburg

Eleonore Kellner stellvertr. Vorsitzende
KJR Deggendorf

Konrad Denk Bayerische Sportjugend im BLSV

Stefanie Denk KJR Freyung - Grafenau

Rudolf Heldak Feuerwehrjugend Niederbayern

Anja Stelzer ohne Delegiertenmandat

Franz Schreyer Beratendes Mitglied des Bezirks Niederbayern
im Bezirksjugendring